Tháng 8 năm 1996, Hoài Linh về lại Việt Nam thăm người yêu là Thanh Hương, người anh đã quen một thời gian trước khi rời Việt Nam. Thanh Hương vốn ở một quán karaoke mà anh thường xuyên tới hát. Cũng chính việc này, mà anh đã đặt tên cho CD mới nhất của mình là Tình Karaoke. Chuyến về Việt Nam đó của anh là để chính thức thành hôn với Thanh Hương và bảo lãnh sang sống chung tại Hoa Kỳ từ tháng 4 năm 1997. Tuy nhiên đến năm 2010, 2 người đã chia tay từ đó cho đến nay.[3]

Hoài Linh tự nhận là "một người cha vô cùng khó tính, nhưng không ép uổng con cái, chỉ muốn con làm gì cũng phải biết phấn đấu, phải có cái tâm". Hoài Linh có hai người con ruột là Võ Lê Thành Vinh (sinh 1990) và một cô con gái út. Ngoài ra, Hoài Linh cũng có rất nhiều con nuôi trong đó hai người con nuôi được nhiều người biết đến là Hoài Lâm [4][5] và Cao Hữu Thiên.[6][7] Mới đây, Hoài Linh vừa nhận bé Nguyệt Cát đáng yêu của danh hài Thúy Nga làm cô con gái bé bỏng của mình.[8]. Ngoài ra còn có những người con nuôi khác như bé Ben, Hoài Sơn, Thái Trân, HH Phạm Hương, nghệ sĩ hài Gia Bảo, bé Bu (con gái nghệ sĩ Hồng Tơ),...Ngoài những người con nuôi thì con có em nuôi (diễn viên Thiên Bảo) và cháu nuôi (diễn viên Võ Đăng Khoa)

Hoài Linh là anh ruột của ca sĩ Phương Trang và ca sĩ Dương Triệu Vũ (tên thật là Võ Nguyễn Tuấn Linh).[9][10]

Gia đình cha mẹ Hoài Linh theo đạo Công giáo, riêng Hoài Linh cải sang đạo Mẫu và thờ tổ nghề.[11]